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La collection minéralogique contient plus de 20 000 spécimens du monde entier, parmi lesquels les premières collections de Sir William Dawson, d’A.F. Holmes (1797-1850), qui a fondé la faculté de médecine de McGill, et de B.J. Harrington (1848-1907), premier chargé de cours en minéralogie de McGill, puis professeur de chimie et de métallurgie. En 1913, le musée acquiert l’extraordinaire collection de minéraux du géologue et ingénieur des mines Walter F. Ferrier (1865-1950). Au fil des ans, cette collection s’est enrichie grâce à plusieurs donations. Des minéraux provenant du monde entier sont exposés à la galerie Hodgson. La galerie Dawson présente la diversité minérale du Québec, notamment des minéraux de localités mondialement réputées telles que la mine Jeffrey à Asbestos, le mont Saint-Hilaire et la carrière Francon à Montréal. Ces deux derniers sites abritent des minéraux rares, parmi lesquels la weloganite, la dresserite, la donnayite et la hilairite, que l’on ne trouve que dans très peu de localités.