scCoAnnotate est un flux de travail Snakemake qui gĂ©nère, par rapport Ă une rĂ©fĂ©rence, un consensus de prĂ©diction de types cellulaires Ă l’aide de donnĂ©es de sĂ©quençage d’ARN Ă l’échelle de la cellule (scĎ㽶ĘÓƵ-seq). Conçu par le , ce flux de travail est utilisĂ© pour exĂ©cuter plusieurs outils d’annotation afin de prĂ©dire les types cellulaires associĂ©s Ă diffĂ©rents Ă©chantillons de scARN-seq. Cet outil regroupe plusieurs modèles statistiques et approches d’apprentissage automatique dans le domaine de la biologie unicellulaire. En combinant les forces de ces modèles, il gĂ©nère un consensus des prĂ©dictions dont la prĂ©cision supĂ©rieure a Ă©tĂ© dĂ©montrĂ©e par des expĂ©riences d’étalonnage. Le flux de travail automatisĂ© est convivial et ne nĂ©cessite pas de connaissances en apprentissage automatique. Les utilisateurs peuvent Ă©galement le parallĂ©liser pour exploiter leurs ressources computationnelles au maximum de leur efficacitĂ©.
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