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À son décès, en 1813, James McGill lègue 10 000 livres et la Burnside Place, son domaine de 46 acres situé sur les flancs du mont Royal, à l’Institution royale pour l’avancement des sciences. Ce legs est assorti de deux conditions : il doit servir à fonder une école portant le nom de McGill, et cette école doit être édifiée dans les dix années suivant le décès du donateur.L’enfantement est long et laborieux. Un des héritiers de James McGill, son neveu Francis Desrivières, souhaite s’approprier Burnside Place et s’efforce d’empêcher tout progrès dans l’espoir de voir la fortune de McGill lui revenir par défaut. Entretemps, la jeune Institution royale peine à faire face à ses obligations quotidiennes et n’est pas armée pour se battre contre un Francis Desrivières peu coopératif.
C’est grâce aux efforts John Strachan, ami de McGill, que l’Institution royale réussit à s’organiser et à obtenir une charte du roi George IV au printemps de 1821. Trois ans plus tard, l’Institution royale recrute son premier principal, le révérend George Jehoshaphat Mountain – qui allait devenir évêque anglican de Québec – ainsi que quatre professeurs. Il ne manque alors que les murs de l’école.
Le 24 juin 1829, Burnside Place ouvre officiellement ses portes sous le nom de McGill College. Immédiatement, le collège conclut un accord pour faire de la Montreal Medical Institution sa faculté de médecine. Le rêve de James McGill commence à prendre forme, même s’il faudra encore attendre six ans pour parvenir à un accord avec Francis Desrivières et venir à bout de bien des querelles intestines. Finalement, le 6 septembre 1843, vingt étudiants investissent le nouveau Pavillon des arts. Il s’agit du premier jour de classe au McGill College, moment historique qui aura mis trente ans à se réaliser.